Dalam pemerintahan Kerajaan Kutai Martapura dari tahun, 350-1605, yg beribukota di Muara Kaman, Kota Bangun diketahui bahwa wilayahnya bernama NEGERI PAHA meliputi daerah : KEHAM., KEDANG DALAM, KEDANG IPIL, LEBAK MANTAN, LEBAK CILONG.
Negeri ini setingkat Propinsi dipimpin seorang Mangkubumi (Adipati Wilayah), suku ini disebut Suku Kutai Kedang (Orang Adat Lawas) adapun pimpinannya berigelar Sri Raja (Raja Kecil) dan Sri Raja terakhir bernama Sri Raja TALIKAT merupakan kerabat Raja di Muara Kaman, dan memerintah di ibukota Keham sampai sekarang masyarakat Adat Lawas masih mendiami daerah tersebut diatas.
Dalam pemerintahan Kesultanan Kutai Kartanegara beribukota di Kutai Lama/Jembayan dan Tenggarong, dari tahun 1605-1900 setatus Kota Bangun mengalami perubahan bahwa wilayahnya disebut wilayah Kesutaan dan Ibukotanya berada di Muara Sungai Kedang Murung disebut Telok Gelumbang, dan batas kampong pada waktu itu sampai ke Tanah Pindah adapun SUTA pertamanya bernama SUTA SRI BANGUN adalah kerabat Kesultanan Kutai Kartanegara dan seterusnya bahwa suta yang terakhir bernama RONGGE gelar SUTA KANAN, wilayahnya meliputi : PELA, KEDANG DALAM, KENOHAN, LEBAK MANTAN, KEDANG IPIL, LEBAK CILONG, LIANG, KEHAM, SEBEMBAN, KUYUNG, ENGGELAM, MA-UWIS.
Asal usul penduduk Suku Kutai Kedang yang mendiami wilayah Kota Bangun dan sekitarnya berasal dari rupun Ras Duentro Malay, yaitu percampuran suku Kutai Pantun dan dayak Benuaq-tonyooi (Benuaq-Tunjung) di Keham asal dari Sungai Ohong, yang menjadikan logat bahasa Suku Kutai Kedang mengalunkan Nada yang bergelombang.
Misalya bahasa Indonesia “Tidak”, Bahasa Kutai “Endik”, Bahasa Kutai Kedang “Inde”………tegas alas gelombang……………………….
Dalam tahun 1900-1940, Kota Bangun menjadi Wilayah Districe Hoofd dalam Jaman Penjajahan Belanda, Ibukotanya Bernama Kota Bangun pimpinannya diberi Jabatan Kepala Districe, pertamanya bernma Aji Pangeran Bendahara (1900-1903) dan Kepala Disterice terakhir bernama Aji Bambang Daut tercatat sebanyak 18 orang yang sempat menjabat kepala districe di Kota Bangun.
Sedangkan dari tahun 1940-1946 wilayah Disterice Hoofd Kota Bangun dijadikan Wilayah Guncho oleh pemerintahan Penjajah Jepang dan Guncho pertaman dijabat oleh Aji Bambang Sjaifoeddin Gelar Aji Raden Tirto Wijoyo (1940-1945) dan digantikan oleh Guncho terakhir bernama Aji Raden Aploes gelar Aji Pangeran Aploes (1945-1946,
Pada Tahun 1946-1951, Kota Bangun menjadi Wilayah Penjawat dalam pemerintahan Sawabraja Kaltim dan sebanyak 6 orang yang pernah menjabat Kepala Penjawat di Kota Bangun dan yang pertaman bernama Baharoeddin gelar Mas Jaya Poerwonoto (1946) dan Pds. Kepala Penjawat terakhir bernama Mohammad Seman gelar Mas Jaya Muda (1948-1951).
Masa pemerintahan Daerah Istimewa Kutai dan Peralihan Propinsi Kaltim dan Kabupaten Daerah Tingkat II Kutai, Kota Bangun menjadi wilayah Kewedanaan dan sebayak 9 orang yang pernah menjabat Assisten Wedana dari tahun 1952-1966, dan Asisten Wedana pertama bernama Mohammad Syarif gelar Mas Noto Djaya Moeda (1952-1955) dan yang terakhir dijabat oleh Mukidjat dari tahun 1965-1966. pada masa itu Kenohon menjadi Kecamatan terpisah dari Kota Bangun. Dan Kota Bangun pun menjadi Kecamatan dalam wilayah Kabupaten Kutai sampai dari tahun 1967 dan sekarang 2008 dalam pemerintahan Kabupaten Kutai Kartanegara Camat pertamanya Aji Bambang Hassan Basrie (1967-1968) dan sekarang dari 2006- oleh M.Syamsie Juhri,S.Sos.MM. jadi dari tahun 1900 sampai 2008 sebayak 50 orang yang pernah memimpin Kota Bangun. Dan wilayahnya sudah meliputi 20 Desa. Bagaimanapun salah satu catatan kongkrit mengenai pemerintahan di Kota Bangun tertuang dalam sebuah surat dari Resident Der Zuiderent Dester Afdelingen Van Borneo No. 506/C-34-2 tanggal, 11 Maret 1924. sekarang Kota Bangun menjadi Ibukota Kecamatan yang memiliki, Luas wilayah 1.143,74 Km2 dan terdiri dari 20 Desa. Sebenarnya usia Kota Bangun 108 Tahun maka untuk mengenang jasa-jasa para pendahulu, sdra Jemai berinisiatif agar seni budaya di kota bangun jangan sampai hilang, melalui Organizer Multi Pemuda Kutai melaksanakan kegiatan Seni Budaya ini setiap tahun.
Kota Bangun merupakan salah satu permukiman tertua di Kabupaten Kutai Kertanegara, selain itu juga ada daerah Kutai (Kutai Lama), nama kedua daerah ini sudah ada disebut di dalam Hikayat Banjar yang bagian terakhirnya ditulis pada tahun 1663. Kota Bangun merupakan asal daerah Raden Aria Dikara ayahanda Gusti Barap, isteri Panembahan di Darat (mangkubumi dari Sultan Inayatullah).